建设项目竣工决算审计是建设项目审计的一个重要环节，它是指建设项目正式竣工验收前，由审计人员依法对建设项目竣工决算的正确性、真实性、合法性和实现的经济效益、社会效益及环境效益进行的检查、评价和鉴证。其主要的目的是保障建设资金合理、合法使用，正确评价投资效果，促进总结建设经验，提高建设项目管理水平。
审计人员对建设项目实施建设项目竣工决算审计业务的内容视具体情况和项目的行业特点而确定。其基本审计内容主要包括以下方面：
1、审查竣工决算编制依据。审核决算依据是否齐全、是否符合有关规定、是否存在遗留问题。
2、审查是否按规定的时间及时进行竣工决算的编报。现行制度规定，建设项目的竣工决算应在项目办理竣工验收后的一个月内编报。
3、审核竣工决算资料的齐全性和真实性。有关财务报表、主要附表是否齐全，表中各项目的内容填列是否完整、正确、真实，各表之间应该一致的数字是否相符；竣工情况说明书所列项目内容是否全面、真实。
4、审核建设单位的竣工验收工作是否符合有关规定，决算编制工作有无专门的人员，各项清理工作是否彻底和全面。
5、审查项目建设是否按照批准的初步设计进行，各单位工程是否严格按照批准的概算内容进行，有无概算外项目和提高建设标准、扩大建设规模的问题；有无重大质量事故和经济损失。
6、工程施工发生计划调整、设计变更有无批准调整计划的文件和变更设计的手续；没计变更和现场签证是否合理，有关手续是否符合规定。
7、审查在工程实施过程中有关设备和材料的变化情况、建筑经济政策的变化情况、补充合同的内容变化等是否正常，调整是否合理。
8、审查交付使用财产是否真实和完整，是否符合交付条件，移交手续是否齐全、合规。审查竣工决算中所列的交付使用资产价值是否真实、准确，其构成是否合理；应计入交付使用资产成本的报废工程损失、坏账损失和非常损失等，是否已按规定程序报经有关部门批准；应分摊计入交付使用资产成本的待摊投资，是否已按规定的方法分摊计入交付使用资产成本，其分摊标准是否合理；有无多报、重报、虚报交付使用资产价值的情况等。同时核实在建工程完成额，查明未能全部完成和及时交付使用的原因。
9、审查建设项目的资金来源和投资支出是否真实、合法，基本建设结余资金是否真实、准确。审核建设单位是否按照规定渠道取得基本建设资金，检查有无任意挪用其他资金和非法集资等情况；竣工决算表中所列的各项基本建设拨款或贷款额，是否反映了从开始建设起至竣工为止的累计数，历年的拨款或贷款之和是否超过核定的拨款或贷款总额。竣工决算表中所列的基本建设结余资金数额是否与竣工年度决算中的数额相符，且数字是否真实、准确。剩余的设备、材料及其他物资的处理，资金的收回是否得当；投资支出是否合理，有无扩大开支范围、提高开支标准以及存在贪污、受贿、索贿、铺张浪费等违纪的情况。
10、审查建设成本节约和超支的原因。根据设计概算或基本建设投资包干指标，审查竣工项目的建设成本节约或超支的具体原因。首先将建设总成本及其构成项目的实际数分别与概算数进行比较，以审查建设总成本及其项目的节约或超支情况，然后，进一步审查建设总成本及其构成项目的节约或超支的具体原因。
11、审查转出投资、应核销投资和应核销支出的列支依据是否充分，手续是否完备，内容是否真实，核销是否合规，有无虚列投资的问题。
12、审查建设工期。审查是否按计划开工和竣工，查明建设速度加快或延缓的原因，明确责任。
13、审查工程质量。审核是否符合工程质量检验评定标准和验收规范，有无不符合质量要求的工程，有无报废工程。
14、审查、评价投资效益。从物资使用、新增生产能力、预测投资回收期等方面评价投资效益。
15、审查、核实尾工工程的未完工程量，防止将新增项目列为尾工项目和增加新的工程内容。
